open(BUFF,"impute_8q24_out_2step_ambi") or die "no file exists\n";
open(BUFF1,"impute_8q24_out") or die "no file exists\n";
while(<BUFF>)
{
	chomp($_);
	$line=<BUFF1>;
	chomp($line);
	@array = split(" ",$_);
	@array1=split(" ",$line);
	shift(@array);
	$snp = shift(@array);
	$pos = shift(@array);
	print "$snp";
	$gnt1 = shift(@array);
	$gnt2 = shift(@array);
	shift(@array1);
	$snp1=shift(@array1);	
	shift(@array1);
	shift(@array1);
	shift(@array1);	
	print " $gnt1 $gnt2";
	if( $snp ne $snp1)
	{
		die " $snp ne $snp1\n";
	}
	$n=0;
	$sum=0;
	for($i=0;$i<@array;$i++)
	{
		$n++;
		$val1 = $array[$i];
		$val_1=$array1[$i];
		$i++;
		$val2 = $array[$i];
		$val_2 = $array1[$i];
		$i++;
		$val3 = $array[$i];
		$val_3=$array1[$i];
		$val= 2*$val3+$val2;
		$va=2*$val_3+$val_2;
		#print abs($va-$val)." $va $val\n";
		$sum=$sum+abs($va-$val);
	}
	$sum=$sum/$n;
	print "\t$sum\n";	
	#die;
}
#die;
